Doch, die spielt eine Rolle. Ich hatte mal das Problem, dass im Firefox? die Website größer dargestellt wurde, weil ich die Schriftgröße im Windows auf 150% oder so gesetzt habe. Aber ja, das wäre eine irreführende Fährte für dein Problem. Wieso es nicht beide Browser beeinflusst, weiß ich nicht. Bzw. vielleicht täusche ich mich ja auch, und es beeinflusst beide Browser und es spielt tatsächlich keine Rolle. Aber trotzdem darfst du die Frage gerne beantworten

Zu den restlichen Fehlern:

du brauchst nur 1 Box, nicht für jedes Element eine eigene
Sicher ist das die id, aber in html5 gibt es <header>, <footer>, etc. Elemente, um header etc. entsprechend auszuzeichnen.
Das bringt mich auch zu Punkt 2: Du hast den html4- Doctype, was ist der Grund, diesen noch zu verwenden? Anders formuliert: Wieso verwendest du keine aktuellen Technologien? (Fehlender Browser-Support ist keine gültige Antwort, der ist nämlich zu 100% gegeben)

Nein, labels gibt es keine. Es gibt nur die unsinnige Tabelle.
Die Tabelle ist hier wirklich unsinnig, weil eine Tabelle für tabellarische Daten da ist. Sagt auch schon der Name. Wenn es dir ums Layout geht, wieso verwendest du dann keine Tabelle für den Rest der Seite? Dann wärst du zwar am Stand des letzten Jahrtausends, aber es würde dann wenigstens gleich ausschauen.
Du brauchst vielleicht ein div als wrapper für dein label - input Kombination und wenig CSS und schon schauts genauso aus wie jetzt aus.