Das mit der Endung ist auch nicht soo tragisch und auch nicht wirklich "falsch", es ist auf der einen Seite weniger zum tippen für den Nutzer wenn er sich die URL merken/abtippen will. Warum man eher .html statt .php verwenden sollte: Es geht hier nicht darum, ob es den Nutzer interessiert, sondern darum, das man nicht sofort öffentlich zeigt, welche Technologie verwendet wird. Bei deiner Seite weiß ein Angreifer sofort, dass du php einsetzt und kann, wenn er den Server angreifen will, gezielt auf PHP-Schwachstellen testen. Solltest du natürlich sagen: "Ich werde niemals angegriffen, ich bin 100%-ig sicher" dann kannst du natürlich auch .php als Endung lassen. Aber warum es anderen extra einfach machen wenn es sich vermeiden lässt.

Inwiefern Skripte dann mit deinen URLs Probleme haben kann ich natürlich nicht sagen. Ich würde hier eher die Fehler in den Skripten beheben.

edit: passt halbwegs dazu: http://webmasters.stackexchange.com/...s-are-the-best