Ein Script im BODY-Tag ist etwas eingeschränkter, als im HEAD.

Ich weiß ja nicht, was das Script können soll, aber normaler Weise werden JavaScripts im HEAD importiert. Nur solche, die direkt zu einer HTML-Komponente gehören, oder während dem Laden der Seite ausgeführt werden sollen, kommen in den BODY.

[EDIT:]
Von der anderen Website? Das geht so erst mal nicht, wegen der Same-Origin-Policy. Nur wenn beide Websiten mit der Kommunikation einverstanden sind, kannst du die Fremdseite in einem IFrame laden und per window.postMessage() kommunizieren. Ansonsten brauchst du eine Server-Lösung, aber legal ist und bleibt das nur mit Erlaubnis der Fremdseite.