Wenn du unterschiedliche Reihenfolgen darstellen willst, dann solltest Du die Daten sortieren, bevor sie im Template dargestellt werden. Schau dir mal
Function Reference/wp get nav menu items « WordPress Codex an, da gibt es einen orderby Parameter, vielleicht hiflt der dir ja schon weiter. Ansonsten musst Du halt das Array, welches die Funkton zurück gibt selbst sortieren.
Die Daten gibst Du dann an einen Nav-Menu-Walker der dir daraus das Markup rendert.
Class Reference/Walker Nav Menu « WordPress Codex