Also wenn man einen Link anklickt, öffnet sich doch das Popup, oder?
Auf jeden Fall mit target="_blank" - ist halt kein Fensterchen, aber was soll's?

Ich dachte, das PDF stünde nicht sofort zur Verfügung und müsste nachträglich per Timer o.Ä. geöffnet werden.

Und wie gesagt: Ich würde mal testen, ob man mit einer Abfrage, wie if (window.open(...)) nicht einfach testen kann, ob das Popup da ist, und wenn nicht eine entsprechende Meldung anzeigen.

[EDIT:] Ja, acb1980 schreibt ausdrücklich, dass das PDF nicht sofort zur Verfügung steht. Also ich würde da verschiedene Möglichkeiten durchtesten: Erstmal window.open aufrufen, wenn das nicht geht, den Trick mit document.getElementsByTagName('a')[x].click() (natürlich in einem try..catch) wenn das auch nicht geht eben eine Lösung mit Frame einbauen, oder den User darauf aufmerksam machen. Wenn es probleme macht, zu testen, ob das fenster offen ist, einfach erstmal eine html-seite in das fenster laden, die per Javascript der ursprünglichen Seite mitteilt, dass das Fenster offen ist und die sich dann selbst auf das PDF neulädt (self.location.href = "Das PDF").

Ist etwas aufwändig, aber was anderes fällt mir nicht ein.