Du rufst beim init die Settings auf und beim change() nochmals, dann sollte der das überschreiben.
Code:
$('#select').change(function () {
var folder = $(this).val();
if($("#uploadifyBox").is(':visible')){
$("#uploadifyBox").hide("slow");
}
$("#uploadifyBox").show("slow", function(){
jQuery("#uploadify").uploadifySettings('folder', folder);
});
});