Du hast 2 Probleme eingebaut:
a) Du hast keinen z-index für absolut bzw. fixiert positionierte Elemente angegeben.
b) Wenn Flash-Dateien von HTML-Elementen überlappt werden sollen dann musst Du einen wmode angeben. Informier dich darüber bei Adobe.
Und wieso machst Du dafür kein eigenes Topic auf?