Es geht hier nicht nur um den IE6. Solche Sachen absolut zu positionieren ist immer schlecht. Vorallem, wenn man es nicht wirklich braucht. Es ist IMO nirgends wirklich definiert, wie ein Browser die absolute Position z.B. ohne Angabe von left, right, top und bottom berechnet. Da gibt es manchmal gravierende Unterschiede. Absolute Positionierung, die sich irgendwie am Inhalt orientieren soll (zumindest den Eindruck erwecken soll) macht einfach zu viele Probleme.
Wenn dein Footer immer dort stehen muss, dann kann man auch darüber nachdenken, ihn komplett wegzulassen und stattdessen ein zusätzliches Element in die Form einzubauen.
Wenn das alles aufgrund von zu wenig Flexibilität des CMS nicht möglich ist und dich deine Lösung mit der absoluten Positionierung nicht zufrieden stellt, dann bleibt meist nur der Weg über eine Layoutänderung.
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