Erstens darfst Du in der flow.php keinen HTML Header mehr mitschicken, also nur das, was zwischen den <body>-Tags steht und zweitens musst Du bestimmt nach dem Laden des Inhalts das Imageflow neu initialisieren, damit es die entsprechenden Bilder lädt. Das CSS und JS musst Du nicht in der flow.php laden, sondern in der Datei, wo Du das Ajax aufrufst. Beim Ajax gibt es eine option success: und dort müsstest Du das Imageflow neu initialiseren.
Ich habe das aber selber noch nicht gemacht, denke aber mal, dass ich so an die Sache herangehen würde.
Schau mal hier nach:
http://finnrudolph.de/ImageFlow/Documentation