Moin,
der IE benötigt immer a weng mehr Platz.
Wenn alles auf Kante genäht ist, drückt er die rechte Box nach unten, obwohl es von den Breiten eigentlich passen müßte.
Du könntest entweder die Boxen schmaler machen (ca. je 48%), oder du läßt nur die linke Spalte floaten und die rechte bekommt kein width und einen linken margin (margin-left:50%).
Evtl. noch den
Double-Margin-Bug für den IE6 berücksichtigen, obwohl es bei mir auch so ging.