Ob ein # am Anfang der Zeile steht kannst du ganz leicht mit preg_match herausfinden:
PHP-Code:
if (preg_match('!^#.*!m', $query)) {
echo "Ein # steht am Anfang der Zeile!";
}
Das kannst du nun nach dem Splitten machen und einfach die Zeile überspringen/rausfiltern
Was ist das?
Bist du sicher, dass die Datei auch existiert? Schau mal nach, ob du in dem entsprechenden Ordner Schreibrechte hast...