Wenn ich falsch liege korriert mich.

Der Unterschied besteht darin, dass du beim Cookie festlegen kannst wie lange es gilt/wann es verfällt. Somit hat man auf einer Seite, bei der man als hauptfarbe z. B. rot ausgewählt hat, am nächsten Tag (wenn man die Gültigkeit auf 24 Stunden gesetzt hat) immer noch das rote.
Die Session gilt nur so lange wie das Browserfenster geöffnet ist. wählst also das rot, hast zwar auf den Folgeseiten, wie beim Cookie, auch rot, jedoch wenn du das Browserfenster schließt und später wieder neu aufrufst, dann hast wieder die normale Standardansicht (z. B. Schwarz/grün) und musst das rot erst wieder neu wählen.