Mit dem von Dir geposteten Code tritt das Problem in meinem FX nicht auf, weder mit viel Inhalt im Haupt-Container (d.h. Scrollbar erscheint), noch ohne.

Was mir nur auffällt: Du hast keine Höhe für den Footer definiert, was man aber sollte, wenn alles pixelgenau passen soll. Das dürfte allerdings nicht die Ursache des Problems sein.

Ich kann mir auch nicht vorstellen, daß es mit dem Floaten zu tun hat; dennoch: Was passiert, wenn Du bei beiden Containern das float: right; durch margin: 0 0 0 auto; bzw. margin: -20px 0 0 auto; ersetzt?