Es ist genau wie ich gesagt hatte. Und daß sich ausschließlich der Header verschiebt, scheint nur so; tatsächlich verschiebt sich der ganze Container, was allerdings nicht auffällt, da Du keinerlei Hintergrundfarben verwendest (der schwarze Hintergrund des gesamten Contents wird ausschließlich durch das Body-Hintergrundbild erzeugt). Nur beim Header fällt die Verschiebung auf, da dieser als einziger einen Hintergrund hat (das Foto), der den Body-Hintergrund bei einer Container-Verschiebung überdeckt.

Abhilfe wie gesagt: 100% Höhe des Containers. Dafür bekommen html und body height: 100%; und #container min-height: 100%; (sowie height: 100%; für IE bis inkl. 6).