Der IE hat einen Rundungsfehler.
Verwende
body {font-size:100.01%}
und setz die gewünschte Schriftgröße dann in den einzelnen Elementen.
http://css-technik.de/details/2/5/CSS-Browser-Bugs.htm
Welchen Doctype verwendest du? In deinen Codebeispielen fehlt er bisher ganz.
Du hast im HTML eine id="site", im CSS sprichst du aber eine Klasse
.site an.
Willst du das header-Bild wirklich vom Browser skalieren lassen?